No dia 28 de Outubro de 1856, realizou-se a primeira viagem de comboio no troço entre Lisboa e Carregado. A partir dessa data, seguiu-se um longo período de expansão da rede ferroviária em Portugal, tal como no resto do Mundo.

Depois de um período em que coexistiram diversas empresas públicas e privadas, em que a primeira das quais foi a Companhia Real dos Caminhos de Ferro, constituída em 1860, surgiu a integração no ano de 1951 com a constituição da Companhia dos Caminhos de Ferro Portugueses. A CP – Caminhos de Ferro Portugueses, E.P. foi criada em 1975 como empresa pública responsável pela gestão do caminho de ferro em Portugal. 

No ano de 1997, na sequência da introdução de um novo quadro legal, foi operada uma profunda transformação no sector ferroviário. A CP passou a ser responsável pela operação, assumindo a REFER - Rede Ferroviária Nacional, EP a gestão da infraestrutura. 

No ano de 2005 foi criada a Fundação Nacional do Museu Ferroviário que tem por fim o estudo, a conservação e a valorização do património histórico, cultural e tecnológico ferroviário português, e como objectivo específico a instalação e gestão do Museu Nacional Ferroviário. 

Mais recentemente, no ano de 2007, foi criado o Instituto da Mobilidade e dos Transportes Terrestres – IMTT, I.P., que é um organismo da Administração Central, que congrega as atribuições e competências das seguintes entidades, que se extinguem: Direcção Geral dos Transportes Terrestres e Fluviais (DGTTF), Instituto Nacional do Transporte Ferroviário (INTF, I.P.), e as atribuições da Direcção Geral de Viação (DGV) nas matérias relativas a condutores e veículos.

No dia 16 de Abril de 2009, o Conselho de Ministros aprova o Decreto-Lei que procede à criação da nova sociedade designada Comboios de Portugal, CP, E.P.E. e os respectivos Estatutos, de acordo com o novo regime jurídico do sector empresarial do Estado e autoriza a autonomização da actividade do transporte de mercadorias, revogando o Decreto-Lei n.º 109/77, de 25 de Março, que aprovou os Estatutos da Caminhos de Ferro Portugueses, E.P.. Este Decreto-Lei transforma a Caminhos de Ferro Portugueses, CP, E.P. em entidade pública empresarial com a designação Comboios de Portugal, CP, E.P.E., actualizando-se a sua denominação social, em correspondência com o seu  objecto social.