Nos termos do art. 9.º do Decreto-Lei n.º 58/2008, de 26 de março, na redação que lhe foi dada pelo Decreto-Lei n.º 35/2015 de 6 de março:

• É permitido aos passageiros transportar animais de companhia que não ofereçam perigosidade, desde que devidamente encerrados em recipiente apropriado que possa ser transportado como volume de mão (1 por passageiro);
• Não é permitido transportar animais considerados perigosos, em precário estado de saúde ou de higiene, bem como aqueles que, pelo seu cheiro, ruído ou outro motivo objetivamente relevante, como, por exemplo, a sua dimensão, possam incomodar os passageiros;
• Incumbe aos passageiros a guarda e vigilância dos animais de que se façam acompanhar, sendo os passageiros os únicos responsáveis pelos danos que os mesmos provoquem.

Alfa Pendular / Intercidades / InterRegional / Regional / Comboios urbanos de Lisboa, Porto e Coimbra

• O transporte é gratuito, desde que devidamente acondicionado em recipiente apropriado que possa ser transportado como volume de mão. 

Celta

• O transporte é gratuito, desde que o animal não exceda os 10Kg e viaje devidamente acondicionado em recipiente apropriado, com dispositivo que permita guardar e retirar dejetos e cujas dimensões não excedam 60X35X35 cm, e que possa ser transportado como volume de mão. 

É obrigatório viajarem açaimados, controlados por trela curta e acompanhados do respetivo boletim de vacinas atualizado.
Para garantir o bem-estar e comodidade de todos os Clientes, o animal não pode ocupar lugar nos bancos.
Na aquisição do bilhete é obrigatória a apresentação do respetivo boletim de vacinas atualizado, onde deve constar o Código de Identificação Eletrónica do animal (chip) ou do Documento de Identificação de Animal de Companhia - DIAC. Na ausência de um destes documentos não é possível emitir bilhete.
Os cidadãos estrangeiros, da União Europeia ou de Estados Membros do Conselho da Europa (por exemplo, Suíça), que pretendam transportar os seus animais de estimação, devem apresentar o passaporte, documento comunitário aprovado pelo Regulamento de Execução (UE) nº577/2013, da Comissão, de 28 de junho que contém a identificação e todas as informações sanitárias necessárias para a circulação dos animais.

• Alfa Pendular e Intercidades: pagamento de bilhete inteiro na classe em que o passageiro viajar. Nas Viagens de ida e volta, o valor a pagar é o dobro da viagem de ida (venda exclusiva nas bilheteiras);
• Regional e InterRegional: pagamento de meio bilhete. Nas viagens de ida e volta, o valor a pagar é o dobro da viagem de ida (venda exclusiva nas bilheteiras);
• Comboios urbanos de Lisboa, Porto e Coimbra: gratuito.

São transportados gratuitamente e não açaimados, nos termos previstos no Decreto-Lei n.º 74/2007, de 27 de março.
Os cães de assistência não podem apresentar sinais de doença, agressividade, falta de higiene ou de qualquer outra característica anormal suscetível de provocar receios fundados para segurança e integridade física das pessoas ou dos animais, ou se comporte de forma a perturbar o normal funcionamento do local em causa.
As mesmas condições aplicam-se aos cães de assistência em treino, desde que acompanhados pelo seu treinador ou pela família de acolhimento. Consideram-se famílias de acolhimento as que recebem os cães de assistência durante a fase de socialização e adaptação do animal à convivência humana e que estejam credenciadas como tal.
Aos utilizadores de cães de assistência deve ser solicitada a apresentação da seguinte documentação:

• Cartão próprio e distintivo (colocado no animal em local bem visível), emitido pelo estabelecimento nacional ou internacional de treino de cães de assistência no qual consta que estão acompanhados pelo treinador e a indicação do nome do treinador;
• Documento de identificação do treinador ou da família de acolhimento (BI ou CC);
• Boletim de vacinas do animal, atualizado, onde deve constar o Código de Identificação Eletrónica do animal (chip) ou do Documento de Identificação de Animal de Companhia - DIAC;
• Seguro de responsabilidade civil por danos causados a terceiros por cães de assistência.

É proibido o transporte de animais perigosos e potencialmente perigosos, nos termos previstos no Decreto-Lei nº 312/2003, de 17 de dezembro, na redação que lhe foi dada pela Lei nº 49/2007, de 31 de agosto.
Os animais perigosos têm essa qualificação averbada no boletim de vacinas.
Os animais potencialmente perigosos têm o averbamento na licença municipal.
De acordo com a lei em vigor (Portaria 422/2004 de 24 de abril), são consideradas potencialmente perigosas as seguintes raças:

• Cão de Fila Brasileiro;
• Dogue Argentino;
• Pit Bull Terrier;
• Rottweiler;
• Staffordshire Terrier Americano;
• Staffordshire Bull Terrier;
• Tosa Inu.

O transporte de animais de companhia de pequeno porte é permitido se o animal viajar acondicionado em contentor apropriado que possa ser transportado como volume de mão (artigo 3º, alínea c: “…material resistente, lavável, de fácil desinfeção e estanque, de forma a evitar a conspurcação do veículo de transporte”.) e apresentar-se em adequado estado de saúde e de higiene, conforme estipulado na Portaria 968/2009. 
Os animais de companhia não podem, em caso algum, tomar lugar nos bancos (Portaria 968/2009, artigo 2.º, alínea 3). 
A segurança do contentor do animal durante a viagem é responsabilidade do dono.  Os cães de assistência acompanhantes de pessoas com mobilidade condicionada são transportados nos veículos, gratuitamente e não açaimados, nos termos do Decreto-Lei n.º 74/2007, de 27 de março.